私見ですが、条件付きで会社の支出として認められると思います。

個人名義の建物に対しリフォームする際、
まずは発注者が会社名義にしないといけないと思います。
また、中身が修繕であっても、
新たに事業の用に供するための費用であるので、
金額等によっては会社で資産計上になるでしょう。

問題になるのは、将来その個人宅での事業から撤退する際、
そのリフォームを取り壊して元の状態するのならいいのですが、
元通りにならずその状態で家主に戻すと、
その時に代表者への賞与になるでしょう。