日数で割って一日の平均料金を計算して12月31日までと1月1日以降の2つに分けて計上するか、

検針表に〇月分と記載されていると思いますのでそれに従って計上してしまうか。の2択ですかね。

どちらを選択したとしても、一度やった処理方法を継続しているのであれば調査時に文句が出ることもないと思います。