資本金の経理処理に詳しい訳ではありませんので間違っているかもしれません。

例えば資本金が100万円だとします。
普通預金にはすでに1,000円が入っていますから、出資者が普通預金に入金するのは999.000円、残りの1,000円は出資者が従業員に直接返金するという事ですよね？

普通預金999,000／資本金1,000,000
預り金1,000／

という仕訳になるのだと思います。

間違っていたらごめんなさい。