退職する従業員の了解を得られれば、実務上は問題は生じないでしょう。
但し、労基法上に抵触する恐れがあるため、2月分給料から直に徴収するのではなく、
2月分給料支給後に現金等で預かる方法がベターでしょう。
（給料明細書に繰上げ徴収の痕跡を残さないため）

また、1月1日〜4月30日までの退職は住民税の残額を徴収する必要がありますが、
最終給料（今回の場合3月分）と退職金から徴収できない場合には、
普通徴収にできる制度があるようです。管轄する市町村でご確認ください。