年末調整による超課税額として相殺しきれなかった分は年末調整控除未済額として繰り越していき相殺が終わるまでずっと繰り越しし続けます。

お察しの通りで上半期に支払う税額が０円ならばそのまま未済額が次へ次へと繰り越されていきます。

摘要のところに年末調整控除未済額：〇〇円と書いておけば忘れることもないと思います。

ただ、どうしても未済額が０にならない場合はその分を直接返してもらうことも可能です。
預り金の推移がわかるものを提出して下さいとか色々面倒くさいことを言われますけれども。