輸入代行業者が実際の輸入業者であることがわかりました。

関税など証憑書類の宛名は輸入代行業者であるものが、
こちらに請求されること自体おかしいと思います。
これらの費用は、輸入業者が負担すべきものであり、
それらを加味して商品の納入金額が決まるのが通常と思われます。

しかしそういう取引慣行があるとすれば、
現実を無視するわけにはいかないので、
やはり、相手先が消費税をオンしないものは
こちらで課税仕入れすべきではないと思います。
なぜなら、相手先が立替金の請求分を課税売上にあげていないでしょうから、
こちらでも課税仕入れにはできないでしょう。