手続き的にややこしくなりそうな気がします。
社会保険料は、年末調整の前までに返還すべきでしょう。
越年処理にすれば、源泉税の計算で問題を抱え込むことになります（過大還付）。
一月位の遅れであるならば、毎月の給料計算に織り込んで社会保険料を返還すれば、
年末調整との兼ね合いもうまく行くでしょうが、
数か月分が溜まっているなると、源泉税の計算にも多く響くことになりますので、
まずは本人の了解が必要ですね。

そこで、年末調整にも絡む問題なので、税理士先生のところで年末調整をやっているとすれば、
社会保険料の返還と年末調整の関係をその先生に指示を仰いだ方がいいのかもしれません。
こういう場面では情報の伝達が不足して、どこかでミスが発生する可能性ありますので、
ますは事前確認をお勧めします。