消費税が過少申告であった分、
法人の所得は過大申告になります。
消費税は修正申告になりますが、
消費税以外は更正の請求になります。

こういう局面で修正申告をすべきか否かの判断は、
個々の事情によると思われます。
金額が僅少だから保留ということも考えられますが、
会社の責任者がどう思うかにもよります。
年商３億の中で1000円程度の消費税の過少申告であれば、
本来はいけないのですが、当期中の仕訳の中に
織り込むことも一つの方法です。
但し、過年度において消費税率が変わった関係上、
当期の消費税の申告の上では無理が生ずるかもしれません。