左上の年度欄でしょうか?
それとも、右端の納期等の区分欄でしょうか?

左上の欄では、1年で記載すべきところ(令和と印字されている場合、平成と印字されている納付書は31年と記載)を2年記載されても、最終的にバリデーションスタンプの日付で判断されるでしょうから問題はありません。
右端の欄ですと、問題になる可能性がありますが、2年は将来の日付であり、支払年月日の欄が正しければ、おそらく問題ないでしょう。仮に問題が起きたとしても、間違えを証明するのは容易なのであまり心配はいりません。