当社は、６ヶ月定期代を支給して個人に購入して貰ってます。
また、社内ルールで証憑書類として購入した領収証又は定期券の写しの
提出を義務付けております。
その書類を確認していたところ、１ヶ月定期を購入している社員が判明。
当人に話を聞いたところ、買って直ぐに払い戻しして、会社の申請とは別な経路で
通勤しているとのこと。
計算をすると、会社申請している定期代との差額が約3万位。
このような場合は、どのように対処したら宜しいのでしょうか？
実態に合わせて、差額分は戻してもらった方がいいのでしょうか？

それと、安い経路は自宅から最寄り駅より離れており自転車で駅まで行っており
駐輪場の代金を、定期代の差額分から捻出している。
しかし、駐輪場の利用代金は会社で認めておりません。
また、バスもあるのですが最寄り駅は規定外。
別の駅だと、バスも利用出来る距離にあるのですが、そもそも
社内規定からすると別の駅を利用するのは認めてない。
(バス及び駐輪場代を自己負担するなら、有りかなとも思いますが事例がない)