質問の内容に不明な部分があります。

貴社は石油販売業者なのでしょうか？
軽油を仕入れて関連会社に販売している、ということですね？

仕入れる際に引取税は金額に含まれているのでしょうか？
販売する際には当然引取税を含めた金額だと思いますが、その受け取った引取税は貴社において都道府県の税務担当部署に納付しているのでしょうか？

それとも貴社でただ単に軽油を引取税込みで買って関連会社に転売しただけなのでしょうか？

それによって回答が変わるのではないかと思いますので・・・
※石油販売事業者の軽油取引に精通しているわけではありませんので正しい回答ができるかどうかは分かりませんが。