納税義務の有無の判定は、事業者単位で行うことになっています。法人なりする前の個人と、法人なり後の法人とは別々に判断されます。
ということは、法人なりに係る個人事業者の前々年の課税売上高が1000万円を超えた場合でも、法人なり後の法人が基準期間がない法人の納税義務免除特例に規定される新設法人（確か消費税法第12条の2）に該当する場合を除いて、前々事業年度の課税売上高がないので、納付義務は生じないことになりますね。

確か国税庁のQ＆Aに似たような質問があったような気がします。