交通費に利益を載せて請求している場合は、以前に回答した仕訳になります。
利益が乗っている以上、売上として計上しなければなりません。

しかし交通費に利益を載せず、単純に使った交通費と通常の請求を合計して請求した場合は
  ・3/29   立替金/現金
  ・4月請求時  売掛金/売上 ←通常の請求額
             /立替金 ←3/29の交通費
  ・5/31   預金/売掛金
ってな感じでしょうか。
この様な仕訳なら、売上に交通費が含まれない記帳になります。