すみません。貴社は派遣業だと勝手に勘違いしていました。請負のプロジェクトだったのですね？

Ｈ29/3月からスタートしたプロジェクトで3月が決算なら、特に3月分の業務に対する金額というのは確定していない訳ですね？　それなら3月分として売上計上などはできないでしょう。
※Ｈ29/3月分の作業金額がはっきりとしているのなら3月で売上計上するのが筋です。もしそうなら税務署か顧問税理士などに相談してください。

とりあえずＨ29/3月に発生した旅費交通費はそのままにしておいて、Ｈ30/2月に入金したその分の金額は雑収入（30年2月分として）で計上して問題ないと思いますが・・・

それ以外の月は旅費交通費ではなく立替金で計上しているのですよね？　Ｈ30/2月に先方から入金した交通費相当額からＨ29/3月分以外の立替金計上分は貸方に立替金を計上することによって消えるはずです。