確認ですが、決算期は3月〜翌年2月ということでしょうか？　プロジェクトの第1期分と書かれていますがこれでは決算期と同じなのか、決算期は別の期間なのかが不明です。

また、H29/3月の派遣料と交通費分を含めてH30/2月分までをまとめて入金したのでしょうか？

H29/3月とＨ30/2月が同じ決算期内なら遡りで勘定科目の変更は可能でしょうが、別の期だと面倒なことになります（※期末が2月だとすれば既に法人税の申告期限が到来しているでしょうからどっちにしても面倒なことになりますが・・・）。

また、別の期だとするとＨ29/3月分の派遣料はどのような処理を行ったのでしょう？　H29/3月を含む期に売上と売掛金計上を行っているのでしょうか？

以上の疑問点について返信頂ければ幸いです。