お忙しい中投稿をありがとうございます。
情報が少なすぎてすみませんでした。

H29/3~H30.2の期間でプロジェクトの第１期分となっております
H29/3の時点で取引先から交通費の支払いがあると知らず、社員への交通費として処理しました。
翌期、
H29/9-H30/2まで出張が何度かあり、そこからは立替金として処理してきました。
H30/2に取引先から業務の売上と交通費の支払いを受け、前期分（H29/3）のみが計算が合わなくなるので　どうしたらよいのかわからなくなっております。

根本的に間違っているのかもしれません。
ご教授、宜しくお願いします。。。