29年3月には「旅費交通費」で計上しているのに、今期になってから取引先（派遣先）から旅費交通費分が入金されたということでよろしいでしょうか？

旅費交通費で計上しているのですから「立替金」は発生していないのではありませんか？
なのに「今期取引先から支払があり、立替金がゼロになりますが」はおかしいのではないでしょうか。派遣費用と一緒に交通費分が払われたのならその交通費分も含めた「売上」とするか、あるいは「雑収入」とすればよいはずですが・・・

勝手な推測で回答しております。質問の趣旨と異なっていればお許しください。