本来ならば、個別管理をして利息の計算をしなければなりませんが、
グループ間の貸し借りでは、返済があってもどの貸付なのかが特定できず、
事実上難しい場合があります。

期末残高に対し利率を乗じて利息計算するのは、税務上否認される恐れがありますので、
自分の場合は、毎月末残高の平均額（＝月末残高の累計額÷12）に対し利率を乗じて計算しています。
エクセルを利用すれば、簡単にできます。

会計事務所が借入金と買掛金を相殺したりして、期末には借入残高が1本化される件は、
そのような処理をする理由を会計事務所に聞かないとわかりませんね。
一本化された以上は、翌期以降その借入金で利息計算をせざるを得ないかと思います。

契約書に関しては、作成目的により記載項目が変わります。
税務調査に備えるための契約書であれば、利率や計算方法等を定めれば
簡単なフォームでも通常大丈夫ですが、ここではサンプルを省略します。