こんにちは。

申告時には輸出証明書の添付は不要です。
会社内で7年間の保存義務がありますのでしっかりと保存してください。
後に税務調査などがあった場合に必要となりますので。
下記ご参考に。

免税される輸出取引は?
https://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/shohi/aramashi/pdf/005.pdf