こんにちは。

タイトル「売上の締め支払日」とありますが、
厳密な言い方をすると、
売上の締めは・・・月末ですよね（恐らくは）
お書きの内容はその「請求の締め」・・・のことですよね。

御社の請求書発行がどのような仕組みかが分かりませんが、
例えば取引ごとの単発請求書式か、あるいは締め期間分の合計請求書式か？
単発式なら「ある商品」の２月分売上の請求書を２月に発行して、３月に発送するのか。。とか。

＞Ａ社は末締の翌末払いです。
これは取引条件で、当月末締め（請求）、翌月末払い　ですよね。

＞ある商品だけは翌月末に請求する様にと・・・
これは同様に、当月末締め（請求）、翌々月末払い　が一般的ですね。

「ある商品」を２月売上、請求は１か月遅らせて翌月３月末の分に含めて請求、４月入金　ですよね？

上記の「当月末締め（請求）、翌々月末払い」　であれば、
「ある商品」の２月売上分は２月の請求締めで先方に送り、入金が４月になるのが一般的かと。
しかし御社はその請求書の発行・送付を１か月遅くして４月入金としているのですね。
恐らく請求額と入金額にズレを生じさせないために・・・入金消込との関係などから。


結局は「締め」という言葉の使い方の問題だと思います。
従って実務的な「請求書の発行・発送」という観点からすると、
あなたのお考えの方が実態に合っていて、間違いが起きないように思います。

もっとも私の考えは、単に請求を１か月遅らせることですので、
「ある商品」の請求については、２月締め分を３月締め分に含める（発送する）ですが・・

あとは社内でその認識をしっかりと統一させることですね。
頑張ってください。