ギフト券を購入した時点で券面額と支払額に差があるのですから、その時点で雑益を計上しておくべきでしょう。異なる時期に異なる金額で購入したギフト券を、使用時にこれはいくらで購入したものかを管理することは不可能です。

ギフト券購入時
商品券1,000／現金900
----------／雑益100

ギフト券使用時
仕入1,000／商品券1,000（券面額）

10％引きで購入しても12％引きで購入しても「商品券」としては券面額で管理していれば、あとは何かを購入するときはその券面額で購入するのですから何の問題もないと思うのですが・・・

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>割引率10%のギフト券購入時:
>商品券 1000 / 現金 900

上記は貸借が一致していませんから仕訳として成立していません。