>返済済なので、実際には現金はありませんが、帳面上は現金が存在します。

それは借入れと返済が原因ではないのではないでしょうか?
そもそも記帳していないのに帳簿上の現金が増えるはずがないと思うのですが・・・


>役員から借り入れた資金で、仕入をしていますが、その仕入も記帳漏れしています。

仕入を記帳していないが仕入はしているのですから支払いはしているのですよね?
記帳せずに支払いをすれば現金は減りますが帳簿上の残高は減らないのではありませんか?


>2 期も3期も税理士に依頼していました。

税理士はどこまで関与していたのでしょう?
記帳も税理士に任せていたのでしょうか?
それとも社員が記帳したものを税理士がチェックしていただけでしょうか?

税理士が記帳まで関与していても借入・返済等の事実を税理士に伝えていなかったことも考えられます。どこまで税理士に責任があるのか、ここで判断することは不可能です。

仕入も記帳されていない等を考慮すれば経理事務全般がデタラメ(誰がデタラメなことをしていたのかは質問者が一番よく知っているのではないでしょうか)な感じがします。
税理士がいい加減なのなら税理士を変えることも考慮する必要がありますし、そうでなければ貴社の経理システム全般を再チェックしてみる必要もありそうです。