>「受入手数料入金伝票」も書いてねと言われたのですが、

誰に言われたのですか？
銀行の窓口で言われたのでしょうか？それとも会社の上司ですか？

銀行の窓口で言われたのなら窓口で訊くべきでしょうし、上司に言われたのならどんな書類で何を記入すればよいのかを聞けば解決するのではないでしょうか。

私も小切手の取り扱いに精通しているわけではありませんが、「受入手数料入金伝票」というのは聞いたことがありません。