efu様へ
御解説ありがとうございます。
そして続けての質問になり、すみません..
使用中の申告ソフトの仕様上、借方と貸方に異なる額を入力できず、
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売上時
売掛金／売上／10万（実際は11万）

入金時
普通預金／売掛金／10万
普通預金／売上／1万
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...このようにしか入力できないのですが、これで合ってるでしょうか？　それとも、・・・

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入金時
普通預金／売掛金／11万
普通預金／売上／1万
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どちらが正しい仕訳だと、思われますか？
実は、どちらで入力しても、申告ソフトはエラーを示さないので、困惑しておりました。
ソフトの事は販売会社に聞くとして、
売上時を　上記のようにして　年次更新してしまった際、
入金時の仕訳はどうなるのか、御教示いただければ幸いです。