昔 建設業で経理をやってました。

中間金の請求ということですよね?
請求書の発行時に処理は特にしませんでした。

入金時に「未成工事受入金」勘定で受領処理を行います。

竣工した時に、
完成工事未収入金 / 完成工事高
未成工事受入金

としてたような気がします。

長期に渡る大型工事であれば、完成基準で処理する場合もあると思いますが・・・。

参考までに。