私自身、Kindleで書籍を購入した事がないのでナンですが…。
Amazonでの決済でしたら、クレジットカードを複数登録する事は出来ませんか？
可能であれば、事業用のクレジットカードと個人用のクレジットカードを登録して、用途に応じて支払いを分けるのはどうでしょう。
クレジットカードの引き落としも事業用と個人用に分けてしまえば、個人用については記帳の必要がなくなります。

事業と個人を完全に分けてしまうのが理想でしょうが、個人事業主って完全に分けられないですよねぇ〜。
自分の場合ですが、完全に分けられない時のみ事業用から支払い、按分したり事業主貸で差し引いています。