当社の場合ですと、もともとの通勤定期の金額と同額であれば認めております。
仮に、オーバーするようであれば原則認めておりません。
理由としては、旅費精算の確認が大変となり煩雑になります。

　あとは、あまりお勧めしませんが個人で増額となった定期代を負担し仕事で利用した交通費は旅費精算で請求するとか。