こんにちは。

会計事務所等にお勤めをなさっているのですかね?
飲食店は現金取引が多いために現金過不足が多く発生する業種のひとつですね。

>現金出納帳に書かれている費用や売上を正しく会計ソフトに入力すれば、会計ソフトでの残高とお客様の現金出納帳残高が合わなくてもよいのでしょうか。

お書きの中で 
>出納帳の残高記載間違いが多くて・・・
とありますので合致しないのは当然の結果となりますね。
会計ソフトからの総勘定元帳が正しいもの、との位置づけになりますね、一応。

それは致し方ないことなのですが・・・理解しがたいのは下記の部分です。
>期末に現金過不足の残高を香典として何回か経費計上して、端数を雑損失にしたら、税務上指摘を受けてしまうものなのでしょうか。

現金過不足の把握は、日単位、週単位、月単位、決算時の年単位
のどれかになると思いますが、最低でも月単位と年単位は行うことでしょう。
その際に、現金有高が少なければ 現金過不足(雑損失)/ 現金
       現金有高が多ければ  現金 / 現金過不足(雑収入)
とすれば良いことです。

なぜ「香典」の出番となるのでしょう???
これはねつ造ではありませんか?
経理として絶対にしてはいけないことではないでしょうか(経理以外でも・・)