rierinさん、こんにちは。
まず初めに、私もズブの素人であることをお断りしておきます。(汗)
既にあれこれ調べられてるとは思いますが、私の様な者が見ても分かりやすかった
サイトが有りましたので、こちらをご確認下さい。

斎藤税理士事務所ホームページ｢税務調査ポイントと対策｣
http://www.saito-zei.com/point/

源泉徴収簿だけでなく、ありとあらゆる帳簿や書類が対象となり得ます。
うちの社にも昨年来ましたが、会議室に帳簿や証憑を山と用意して経理責任者と会計士の先生が
説明・対応していましたけど、結局は修正申告をさせられたようです。

会社の帳簿や申告内容を説明できる方や、会社でお付き合いのある会計士の先生がいると良いのですが…