輸入には詳しくないのですが、回答が付かないようなので。

28,000円の消耗品を購入する為に、通関料等が掛かったわけですから、これらの費用も購入に付随する費用として、その消耗品の値段に含めるのではないでしょうか。
※免税業者や課税業者でも税込方式の場合は消費税も含めます。

振込時：
前払金　28,000円／現金又は預金　28,000円

物品到着時：
消耗品　29,400円／前払金　28,000円
　　　　　　　　／現金　200円（通関料）
　　　　　　　　／現金　1,200円（消費税）

仕訳は↑のような感じで良いのではないかと思います。