こんにちは。

結論から申し上げると、大きな問題にはならないでしょうね。
既にお調べになった様に正式な処理はちゃんとございます。
が・・・今回については金額が実に少額ですから問題にならないでしょう。

いずれにしても・・・
>本来税務署に問い合わせればいいことはわかっているのですが、
疑問に感じた際には所轄の税務署にどしどし問い合わせることです。
ちゃんと丁寧にお答えくださいますよ。
私は今までどれ程 税務署や国税庁に問い合わせの電話をしたことでしょう(笑)?!