こんにちは。

バス会社の経理は経験がないのでよく分かりませんが、
お客様に請求した旅行代金の中には添乗員さん乗務員さんの宿泊費や食事代も含まれているのではないでしょうか。

それであればそれらは請求(=売上?)に対する原価処理になるものと思いますので、給与課税の対象外ではないでしょうか。

過去の経理処理はどのようになってますでしょうかね。。。