reiko3さん、こんばんは。

同じ「らんらん財務会計」をつかっています。
記載されている順番に、コメントさせていただければと存じます。

>当社は来期、消費税課税事業者となります。ところが初年度から大き
>な開発支出を予定しているため、消費税の還付申告を予定していま
>す。

消費税の還付申告に関する明細書（設備投資）をされるということですね、私は「輸出等の免税売上の割合が高い」で、申告したことがあり、そのとき、らんらん財務会計で消費税処理をしました。
http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinkoku/shohi/06_pdf/houjin_youshiki.pdf

税理士さんから消費税処理について説明を求められているとのことですが、本則課税、税込処理、控除税額の計算は一括比例配分方式とreiko3さんが記載されているように処理できるとをご説明すれば大丈夫かと思いますが、それでも判らないということであれば、らんらん財務会計にサンプルデータがついていたと思います。
消費税計算もしているので、メニューの決算業務の消費税申告書から申告書やそのた帳票をご提示さあれてはいかがでしょうか。詳細な情報が出力できるようになっているのでこれと振替伝票でどのように消費税計算しているかを見ていただければ、税理士さんなのでお分かりになると思います。

さて、長くなって済みません、（１）の「現在利用中の会計ソフトの変更は必要ない。このような認識で間違いないでしょうか。」とのご質問ですが、消費税処理に関しては今お使いのらんらん財務会計で全く問題ないと思います。
最近の税理士さんは会計ソフトの代理店をしてるケースもあるのでご自分が取り扱っているソフトを売るために乗り換えさせるケースもあるようです。
もし長いお付き合いの税理士さんでしたら仕方がありませんが、もしこれからお探しになるのであれば、ピクシス社が紹介している会計事務所もおありになるようなので以下のサイトをご参考にされてはいかがでしょうか。
http://www.lan2.jp/acc/acl/par/index.html


2）消費税の申告、特に還付申告にあたり...のご質問については、申し訳ありません私には具体的なご提案ができそうにありません。
この点は、事前に税理士さんとお打合せして仕訳を起こされてはいかがかと思います。

最後に、私がらんらん財務会計を使っていて便利だと思ったのは、仕訳を起こす際、消費税自動計算ができるようになっています。事前に計算結果を切り捨て・切り上げ・四捨五入から選択できるようになっています。一番頻繁におこる丸めを選んでおけばほぼこれで自動計算してくれると思います。
計算結果と領収書の消費税額が違う場合は、直接消費税額を修正できるのでより正確に仮払い消費税は記帳できると思います。

大変長文になり、申し訳ありません。
ご希望のお答えになっているか、心配ですがこの辺で失礼いたします。
頑張ってください。