あらー、事業主借と事業主貸を逆にされていましたか。ありがちではありますね。とりあえずこの確定申告を頑張ってください。税額が間違っていなければ大きく怒られることはないだろうと思いますから。

幸いというか、個人事業においては事業主勘定（事業主借・事業主貸）は翌期には繰り越しません。必ず0からはじまりますね。それらの値は経理ソフトで翌期を作成すると（前述の計算式にもとづいて）期首の元入金に反映されますが、この期首の値を手動で修正することで正しい状態にすることができるかと思います。元入金の正しい値は、貸借対照表の関係項目の期首の値から計算する必要があります。過去の期の分が間違っていても、法人の場合に比べると、リカバリーしやすい気がします。1期目の自分の貸借対照表は超シンプルですが、6期目となると少々計算が厄介かもしれませんが。

ともあれ、仕訳を間違えているとあちこち狂ってきますから、まずは今期（2012年）の分をしっかり直さないといけないかと思います。

元入金について、自分も経理ソフトで翌期を作成して前期の事業主借がばっさり消えてしまって悩んだのですが、以下のページを読んで納得できました。悩んだのは中途半端に簿記の知識があったからでしょうね。過去に経理ソフトのバグを発見したことも何度かあるので、バグかと思ったりも。元入金は法人でいう資本金とよくいわれますが、いろいろ性質が違うので資本金と考えると混乱の元かもしれませんね。

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