手数料のみ収入に上げるか、売上と仕入の両建てにするのか。
利益計算はどちらの方法によってもほぼ変わらないでしょうから、
一番の違いは、消費税の取扱い（免税業者の判定など）です。

お金の流れのみをもって両建て経理とする判断の仕方は、
早合点に思えますが、受託販売ならば、お金の流れに関係なく、
手数料のみの計上となります。

ここでの問題点は、会計的に
本当に輸入代行業に該当するか否かの判断だと思います。
　＞お客様に対しての手数料は当方が決め、お客様に見積もりを提出…
という言い回しから、何となく輸入代行業とは云えないのではないかと映りました。
例題の１００万円の手数料が、どこに対してのものなのかが不明だからです。

そこで、お客さんに対する請求額１１１０万円の内訳を教えてください。
また請求書の発行元は、当然ＦＣ元ですよね？