早速の返信ありがとうございました。
言葉が足らず、勘違いを生じさせてしまいお手間をとらせすみません。

休憩時間についていは、自由に使えないのでやはり労働時間。と、考えて良いのですね。
もちろん、それについての取扱いをどうするのかは別の問題として。

終業時間後に働いたら、残業代は出ます。
「暇だから良いじゃない」は上司の感覚の問題なので。

対処方法として、休暇を取る。というのは、昼休みの１時間を通常始業時間より遅く来たり、終業時間より早く帰ったり･･･という事でしょうか？
それならば、職場も対応してくれるかと思います。（経費がかからないので）結局、定時で帰れずその分サービス残業になりそうですが。

とりあえず「労働時間」という事が解りスッキリしました。
有難うございました。