確かにそうですね。

実際には課税所得が１億を超え、かつ３以上の県に事業所を設けていて事業税の軽減税率不適用にならないと、税負担率が４０%を超えなかったように記憶しています。
したがって、課税所得が数千万円までの中小企業であれば、実効税率を予想される税負担率で計算すべきだろうと考えます。

私の事務所で使っている税効果のシステムは、将来の税引前利益予想額を入力すれば、当期から将来までの税負担率も算定してくれますので、それをもとに適用する実効税率を決めています。