言い訳ですが・・・
法に基づき厳格に対応すべき・・・という答えなら小学生にでもできるので、今回はあえて不謹慎なコメントをしています。
したがって、馬鹿なことを言うんじゃないと、生理的に受け付けないなら、それはむしろ正常であり、尊敬できることです。

小生の独断と偏見によるサラリーマン哲学に基づけば、
今回は、何もしない。
申請書類に不備がなければ、
従業員には、あくまでも通勤費、それ以外の何物でもないと念を押して淡々と渡す。

今回の件は、社長が認識して、良かれと思ってやっているだけに否定しにくいです。
貴殿が経理労務会計の責任者ではなく担当者であるなら、企業存続の危機でもなければ、ヘタに波風を立てて、懸念されるとおり社長に冷遇され、後ろを振り返っても従業員もだれも付いてきてくれず、自分一人だけが会社にいられなくなるということでは割に合わない。身をていしてまで社長に注進するべき価値がある事案とは思えないです。社長と刺し違える覚悟があるなら、チャンスは一度、ここぞという場面に取っておく方が良いかと思われます。
注意すべきは、問題が表面化した時に、貴殿の一存でやったと、責任をなすりつけられないように準備しておくことでしょう。
普段から社長とコミュニケーションを密にして、雑談的にそのような話を出せるようになればベストでしょう。「結構、不公平感がでてますよー、ちょっと考えた方がよろしいかも」と気軽に言えればいいのですが・・・

私の恥部をさらしましたが、そうやって生き延びてきたのです。
軽蔑していただいて構いません。