誤って納付した源泉所得税は所轄の税務署に請求または届出をすれば返還してもらえます。
その方法は二つあります。

一つは「源泉所得税の誤納額の還付請求」で、誤納額を直接還付してもらえます。
www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_22.htm

もう一つは、「源泉所得税の誤納額充当届」という方法で、その後の源泉納付に誤納額を充当してもらうことができます。
毎月、源泉所得税を納付している会社であれば、こちらの方法が便利かもしれません。
www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/gensen/annai/1648_23.htm