>領収証の保管方法として、1期ごと(1年)にまとめておくのがベストなのでしょうか?
>それとも、領収証綴りのナンバー順の方がベターでしょうか?

これは会社によりけりだと思いますが、御社にて領収書控えが必要となる場面をお考えになってはいかがでしょうか?

必要となる場面の一つには、相手方が「領収書をまだもらっていない」と言ってきた時に、発行していないかの確認をする時に控えを調べますよね。
こんな時は1期ごとにまとめた方が、探しやすいのではと思われます。