1.買掛金のマイナスのなくし方：

買掛金を計上したときは、次の入力をしていると思います。

仕入�　�/　買掛金

この買掛金がマイナスになったということは、支払いのとき、誤の仕訳を入力したのだとおもいます。

正　買掛金　/　現金または預金　
誤　仕入�　　�/　現金または預金

下記の2.に書きますが、申告書の修正申告をおこなう場合は、誤の仕訳を取り消し、正の仕訳を入力すると、買掛金のマイナスは消えます。

修正申告をしない場合は、新年度の会計処理（マイナスに気づいた月）として、次の仕訳をおこない、入力すれば、買掛金のマイナスは、翌年度になりますが消えます。

※　買掛金　/　雑収入（仕入の額）



2.確定申告の修正：
提出済みの確定申告では、仕入�，�2回計上されているので、その分利益が少なくなり所得税が過少に納付されています。
この場合は、修正申告を行い、追加の税を支払うのが、正規の手続きです。

もし、利益が少なく、今回の誤りを修正しても所得税を納付する必要がない場合などには、税務署に電話をされて、どうすればよいか、ご相談されてはいかがでしょう。
修正申告はしないで、新年度の会計処理でもよろしいようなことでしたら、1.の※の仕訳を入力することになります。

修正申告の考え方などは、下記をお読みください。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2026.htm