なかなか質問者さんからの返事がつかないので、どういう結論になるのかわからず躊躇しておりましたが、一応yukim729さんの書き込みにお返事いたしますと、

（2）の場合については、

　そのとおりです。

という結論です。

事業用固定資産を売却した場合、それを事業所得から外して「譲渡所得」で申告するが正しい申告のしかたです。

しかし、事業所得がある程度黒字である場合には、譲渡所得とはせずにその売却損を事業所得の必要経費（雑損失）として、事業所得に含めて計算しても、最終的に納めるべき所得税は同じになります。
そのため細かい事業用固定資産（動産）について売却損が生じている場合には時々みうけられる方法です。


というわけで、yukim729さんが書かれた方法が正規の正しい方法、私の書いた方法は手抜きな簡略バージョンということになります。

このあたりの説明が不足していましたので、補足してつけくわえさせていただきますとともに、yukim729さんのご指摘に感謝します。