子会社内の支店でのやりとりですから、利益を乗せている・乗せていないに関わらず決算ではいずれも相殺してしまいます。従って子会社全体としての結果は同じとなります。
なので「本店・支店」で処理をしていても「本店から仕入・支店へ売上」で処理をしていても同じことになります。
ただし社外への売上・社外からの仕入と同じ勘定科目「売上・仕入」で処理をするのはふさわしくないと思います。
（決算処理でちゃんと本支店間の取引分のみ相殺すればよいのですが、全部の売上高・仕入高から本支店間の取引のみを抽出する手間が余分にかかります）


個人的には「本店から仕入・支店へ売上」勘定を使うほうがよいと思います。どうしても「本店・支店」で簡便に済ませたい、という意図があればそれを否定はできませんが、その場合支店・本店単独の損益計算は正しくできない（もしくは余計な手間がかかる）と思います。