調査側ではないのでわかりませんが、消費税に関しては逐一チェックはしていないような気がします(特に金額が少ないもの等)
重要なものですら指摘が無いこともしばしば・・・

さらに税務署有利=納税者不利である場合
1.見つけても知らんふり
2.親切な人は教えてくれるかも・・・
3.逐一チェックしていないので最初から気が付かない
など考えられますが2のケースは多くは無いと予想します。