引っ越した先の住所と住民票の住所が違うと言うのは本来違法な状態であって、なあなあでフォローしてやると、違法行為に協力したとして責任を問われかねません。そのようなイレギュラーに伴うリスクを会社が負う筋合いはなく、すべて本人の責任に帰すべきです。
今回の手続には住民票は要らないのですから、社員が会社に正式に届けた住所でない方を認識した方が会社に有利な場合を除き、別の機会に住民票を提出させるなど、相違を認識するまでは届出住所が当然に住民票上の住所であると推定しておいた方が面倒に巻き込まれず安全だと言うことです。