どうやら「使用人兼務役員」の「使用人分給与」と「役員分の報酬」の割合を迷っておいでのようですが、
もうひとつ別の角度から考える必要があります。
それは「労働保険」です。
「社長」「使用人兼務役員」以外にもう一人「労働者」がおいでのようですので、法律的には「労働保険」に加入が必須ですね。
 そのときその「使用人兼務役員」さんの「使用人分給与」をいくらにするかで大きく変わってきます。
全て「役員部分」とするなら、当然「雇用保険」は必要ありませんし、離職しても「雇用保険」の給付は受けられません。

ただ現実的にはどうでしょうか?
社長の報酬前で年間1600万というと相当の「黒字」の法人ですが・・・

(前に紹介されているリンクhttp://www.mof.go.jp/jouhou/syuzei/tokusyu_qa.pdf
では「800万」になっていますが今年の4月開始事業年度からその倍になってますので念のため)

もしそんなに儲かる予定がないのなら「特殊支配同族会社の役員給与の損金不算入」はあんまり考える必要がないように思いますがいかがでしょうか?