おっしゃるとおり退職日が9月30日の場合は喪失日が10月1日になるため9月分保険料が発生します。したがって10月分の給与で徴収する必要があります。もちろんこの場合の保険料は1か月分です。
健康保険料だけでなく厚生年金保険料も同様です。