くれぐれも申し上げておきますが、sika-sikaさんのおっしゃるのが正しい方法です。
わたしのような・・・ですと、次のような方法をとるでしょう。

その従業員さんの源泉徴収票で、支払額を48万円、社会保険料を46000円だけ減額したものを再作成します。税額などは変更しません。（もちろん市町村に再提出します。）

従業員さんには、その源泉徴収票と外交員報酬の支払調書とで確定申告をしてもらいます。
申告が遅れたことについて、税務署に同行して説明してあげるべきでしょうね。