まあ、年末調整をする前の状態に戻すしかないでしょうね。

まずやることとしては、
1.年末調整により源泉税を還付した場合は、本人から返金してもらう。
　（現金／預かり金）
　年末調整で追加徴収だった場合は、それを本人に返金する。
　（預かり金／現金）

2.御社の平成17年分の「給与所得者の源泉徴収票」を作成する。

3.本人に確定申告をしてもらう。
　本人に渡すべき必要な書類は、
　・前職の平成17年分の「給与所得者の源泉徴収票」
　・以前に受け取った「外交員報酬」の資料
　・御社の平成17年分の「給与所得者の源泉徴収票」
　・その他　年末調整のために提出してもらった資料
　を渡して、なるべく早めに確定申告してもらいます。

もちろん、本人に事情を話して丁寧にちゃんと謝ったうえで必要な手続きをやってもらうことになります。

4.その本人から返金してもらった（あるいは返金した）源泉税を御社の源泉税の納付時に調整する。
　年末調整の取り消しがあった場合の御社の源泉税の納付ですが、これは次回の源泉税の納付時に調整します。

納付書の書き方は、年末調整の金額を書く欄が納付書にありますので、そこでプラスマイナスすればOKです。
みっともなくてそれはイヤだな〜と思うのでしたら、単に給与からの源泉徴収税額にプラスマイナスして調整しちゃってもいいでしょう。
要は、給与から徴収した預かり金（源泉税）が納付によりちゃんと消えればいいのです。

たとえば、年末調整で還付していたのを取り消し、本人から返金してもらった場合で、御社は源泉税を毎月納付しているとします。

この場合、次回（8月10日まで）に納付する金額は、7月の給与から徴収した源泉税＋その本人から返金してもらった源泉税＝8月10日までに納める税額
となります。

5.　そして、もう2度と間違えないぞと、あの経理の星に固く誓うのです。（笑）