５円だったら課税でも不課税でも変わんないや、と思ってあえて触れていなかったんですけども^^;

払いすぎていた税金が返ってきた、ということですよね。
返ってきた税金に、法人税が課されたらおかしいですよね。税金に税金を課すことになりますから。ってことで不課税となります。
企業の利益に法人税を課して、残った利益を分配している「配当金」も不課税になります。同じ理由ですね(税金の二重課税になる)。

余談ですが、個人的にはガソリン税に消費税が課されるのがものすごく納得できないんですよねぇ〜。軽油税には消費税かからないのにおかしな話です。